1) В проекте в текстовых строках используется текст на русском. При переходе на английский (в массивах и строковых переменных FLProg) проблема исчезает;.

При использовании русского текста важно помнить что одна русская буква занимает 2 байта в кодировке UTF-8. Так же надо не забывать про завершающий ноль. И выделять количество байт под текст исходя из этого. Язык С++ не контролирует переполнение массивов, по этому при случайной вставке текста большей длинны вы получаете затирание памяти далее за массивом, в которой могут находиться другие данные. От сюда либо некорректная и непонятная работа программы или просто зависание. FLProg сначала компилирует блоки в язык С++, т.е. для него все то же самое.

Также как и у автора темы у меня увесистый проект и платная версия программы. Использую FLProg.
Из опыта, проблема возникает из-за:
1) В проекте в текстовых строках используется текст на русском. При переходе на английский (в массивах и строковых переменных FLProg) проблема исчезает;
2) Огромное влияние на наличие данной ошибки имеет число символов в текстовых строках (текстбоксах) проекта. Чем оно больше тем вероятнее возникновение ошибки;
3) Если в FLProg изменить последовательность выводов блока RemoteXY (там есть стрелочки вверх и вниз) то возникнет глюк. Он лечится повторным копипастом текста кода в FLProg.

У меня MEGA+WiFi R3 ATmega2560+ESP8266, flash 32Mb, USB-TTL CH340G, Micro-USB  https://robotdyn.com/mega-wifi-r3-atmeg … o-usb.html. Мне как новичку было трудно понять как правильно подключить смартфон к моему контроллеру, но правильный алгоритм был найден:
1) Необходимо обновить прошивку ESP8266 установить комбинацию джамперов 5,6,7 в положение ON, остальные OFF
подробнее тут http://remotexy.com/ru/help/esp8266-firmware-update/ ;
2) Настроить логин и пароль точки доступа WiFi с помощью команды AT+CWSAP_DEF (джамперы 5,6 в положение ON, остальные OFF) подробнее про команды и синтаксис тут https://radioprog.ru/post/401 этот же логин и пароль прописываю в проекте RemoteXY и FLProg. Монитор порта в ArduinoIDE;
3) Загрузить скетч созданный в FLProg (с добавлением кода онлайн редактора RemoteXY) в Мегу джамперы 3,4 в положение ON, остальные OFF. Я использовал Hardware Serial - Serial pins0((RX) pins1(TX) в проекте FLProg и RemoteXY. Положение переключателя на Меге RXD0 TXD0;
4) Тестировать/отлаживать проект, либо рабочий режим - джамперы 1,2 в положение ON, остальные OFF. Нажать reset пару раз на контроллере.

Show your code. My guess is that you use delays or other blocking code.. Don't!